Das Forschungsprogramm hat sechs Schwerpunkte:

1. Erwerbsarbeit im Wandel
2. Strukturwandel - Innovationen und Beschäftigung
3. Mitbestimmung im Wandel
4. Zukunft des Sozialstaates/Sozialpolitik
5. Bildung in und für die Arbeitswelt
6. Geschichte der Gewerkschaften 

Jeder Forschungsschwerpunkt enthält Themenlinien, die gesellschaftspolitische Ziele der Hans-Böckler-Stiftung und aktuelle Wissenschaftsdiskurse widerspiegeln. Damit nimmt das Forschungsprogramm auch globale Aspekte, wie die Entwicklung von der Industrie- zur Dienstleistungs- und Wissensgesellschaft, den demographischen Wandel und Migrationsprozesse auf, selbst wenn diese nicht als Programmschwerpunkte ausgewiesen sind.

Für alle Forschungsschwerpunkte und Forschungslinien sind drei Querschnittsthemen relevant: 

• der Globalisierungs- und europäische Integrationsprozess und dessen Folgen für die Mitbestimmung und Interessenvertretung
• das Leitbild einer nachhaltigkeitsgerechten Zukunftsgestaltung, das Politikkonzepte fordert, die ökonomischen, sozialen und ökologischen Gestaltungsprinzipien gleichermaßen gerecht werden
• die Gleichstellung von Frauen und Männern in allen gesellschaftlichen Bereichen, deren Erfolgsbedingungen mit Hilfe des Gender-Mainstreaming-Ansatzes aufgezeigt werden sollen.