Die Stiftung finanziert sich im Wesentlichen aus zwei Quellen:

• Aus den Zuwendungen ihrer Förderer: Im Geschäftsjahr 2009/10 waren das 35,2 Millionen Euro.
• Aus Mitteln des Bundesministeriums für Bildung und Forschung, die zweckgebunden ausschließlich für die Studienförderung zur Verfügung stehen: Die öffentlichen Mittel erreichten 2009/10 ein Volumen von 18,2 Millionen Euro.

Zusätzlich stehen auf der Haben-Seite des Haushaltes Einnahmen aus Zins- und anderen Erträgen in Höhe von 2,6 Millionen Euro, aus zweckgebundenen Drittmitteln wurden 0,3 Millionen Euro erzielt. Außerdem wurden nicht mehr benötigte Rückstellungen und Projektmittel in Höhe von 0,9 Millionen Euro aufgelöst.

Die Hans-Böckler-Stiftung konnte darüber hinaus 0,6 Millionen Euro für mischfinanzierte Forschungsprojekte einwerben, die den Projektpartnern unmittelbar zufließen.